Η συσσωρευση μικροβιακού φορτίου στα διάφορα μέρη του κλιματιστικού συστήματος του αυτοκινήτου είναι αναπόφευκτη. Τα σημεία όπου παρατηρείται ιδιαίτερα αυξημένη ανάπτυξη μικροοργανισμών είναι ο θάλαμος του ανεμιστήρα, τα φίλτρα, οι αεραγωγοί και ο εξατμιστής.
Η παρουσία μικροοργανισμών επιφέρει, εκτός από δυσάρεστη οσμή στην καμπίνα, και σημαντικές επιπτώσεις στην υγεία.
Λόγω των συνθηκών που επικρατούν, έχει αναφερθεί η παρουσία πληθώρας μικροοργανισμών σε κλιματιστικά συστήματα, ωστόσο τα συνηθέστερα είναι τα Streptococcus pneumonia και Legionella pneumophilla το οποίο προκαλεί τη νόσο των λεγεωνάριων.
Συνεπώς, ο καθαρισμός και η απολύμανση του κλιματιστικού, είναι απαραίτητο να πραγματοποιείται σε ετήσια βάση προκειμένου να αντιμετωπιστεί η ανάπτυξη πληθώρας βακτηρίων και μυκήτων στον εξατμιστή.
Ο σωστός καθαρισμός είναι σημαντικός και περιλαμβάνει πλύσιμο του εξατμιστή με ζεστό νερό, ψεκασμό με ειδικά μυκητοκτονα – βακτηριοκτόνα καθώς και καθαρισμό του μοτέρ και των αεραγωγών. Τέλος, γίνεται αντικατάσταση του φίλτρου για την υγιεινή και καθαρή ατμόσφαιρα της καμπίνας.